Pilaitės gimnazija dalyvauja respublikiniame medijų ir informacinio raštingumo ugdymo projekte, kurį vykdo Ugdymo plėtotės centras, Švietimo ir mokslo ministerija ir Šiaurės ministrų tarybos biuras Lietuvoje.

2007 metais mokykloje pradėta vykdyti Mentor Lietuva įgyvendinama Mentorystės programa.Mentorystė - daugelyje pažangių vakarų valstybių paplitęs prevencijos metodas, kai moksleivių gyvenimo įgūdžiai stiprinami individualiai bendraujant su suaugusiais. Bendravimas su mentoriais bręstančioms asmenybėms padeda sekti teigiamu pavyzdžiu, sustiprinti savo vertybių sistemą, kartu su globėju rasti atsakymus į svarbius klausimus.

Pilaitės gimnazijoje startavo „Kuriame respubliką“ kraštotyrinis projektas „Atgal į ateitį“

Projektas vykdomas nuo 2001 m.

Pagrindinė projekto tema – šalių nacionalinė ir globali kultūra.
Projektas vyks 2014 m. kovo 21 – gegužės 9 dienomis.

Tęstinis dorinio ugdymo „Matyti galima tik širdimi”.Projektas vyksta jau 14 metų. Projekto pradžia 2000 m.

 Projektas mokykloje vykdomas ketvirtus metus.
Projekto vykdytojos soc. pedagogė Virginija Ratiukienė ir psichologė Rasa Bubnienė.

 Projektas įgyvendinamas nuo 2002 m.

Psichoaktyvių medžiagų vartojimo prevencijos programa “Žvilgsnis” (Įgyvendinamas projektas nuo 2006 metų)

2009-05-28 apdovanotas 
 Vidaus reikalų ministerijospadėkos raštu.

Vilniaus Pilaitės vidurinės mokyklos 11 - 12 kl.  mokiniai (istorijos mokytojai P. Bakanas, I. Šinkūnienė, K. Šinkūnas ir I. Valušienė) šiais mokslo metais dalyvauja projekto ,,Diena su parlamentaru" veikloje.

2009-2010